Pastangos pritraukti lėšų bokštui atkurti
Latvijai atgavus nepriklausomybę, Jelgavos Šv. Trejybės bažnyčios bokštas tapo savotišku nepriklausomybės simboliu. Buvo organizuotos labdaros akcijos su koncertais „Mes – bokštui“, kurių metu gautos pajamos buvo paaukotos tęsti bokšto atnaujinimą, tačiau lėšų vis tiek trūko. 1994–1995 m. statybos bendrovė SIA „Avars“ paruošė bokšto rekonstrukcijos projektą, kuriame buvo numatyta, kad atnaujinta bokšto smailė sieks 72 metrų aukštį. Nors šis projektas nebuvo įgyvendintas, tai buvo posūkio taškas atnaujinant Šv. Trejybės bažnyčios bokštą, kadangi tolesni Jelgavos miesto veiksmai buvo grindžiami šiuo pirmuoju rimtu bokšto atstatymo projektu.
Piramidės formos stogo dengimas
Nuo 2001 m. savivaldybė pradėjo aktyviai rengti ES lėšų pritraukimo projektus. Siekiant sukurti tvirtą pagrindą kitam stogui, pagal SIA „Architektūros tyrimų grupė“ („AIG“) projektą 2003–2004 m. metų pabaigoje įmonė „PVZ konstrukcija“ 36,5 metrų aukštyje konstruktyviai sustiprino bokšto viršūnę ir puošnią atbrailą. Tuo pat metu SIA „AIG“ ir architektas Artūras Lapinis (Artūrs Lapiņš) buvo pakviesti toliau plėtoti bokšto stogo rekonstrukcijos projektą. Jo parengtame projekte buvo numatyta bokšto viduje įrengti dešimt naudojamų aukštų ir uždengti bokštą žemu ketursienės piramidės formos stogu. Stogas turėjo būti pagamintas iš metalo konstrukcijų ir uždengtas stiklu, kad iš apžvalgos platformos būtų galima gėrėtis atsiveriančia miesto panorama. 2004 m. lapkričio 18 d. buvo baigtas bokšto stogo konstrukcijų montavimas ir uždėta stiklo danga. Kitų metų pavasarį bokšto piramidės viršūnėje, 46,5 metrų aukštyje, buvo sumontuotas žaibolaidžio smaigalys su variniu rutuliu, į kurį buvo sudėti su bokšto istorija susiję dokumentai, laiškas ateities kartoms ir monetų rinkinys.
Visiškas bokšto atnaujinimas
2008 m. Jelgavos savivaldybė pateikė paraišką Europos regioninės plėtros fondo (ERPF) projektui „Regioninės reikšmės turizmo ir kultūrinio švietimo centro įsteigimas Jelgavoje“, kuris gavo ekspertų paramą ir ES finansavimą visiškam bokšto atnaujinimui. Projektas turėjo būti įgyvendinamas nuo 2009 m. kovo 23 d. iki 2010 m. gruodžio 30 d. Bokšto atnaujinimo projektą įgyvendino SIA „Rimts“ pagal architekto A. Lapinio projektą, bokšto atnaujinimui bei geologiniams ir archeologiniams tyrimams pritraukiant patyrusius specialistus. Projekto metu buvo atlikta vidinė ir išorinė bokšto renovacija bei įrengtos patalpos turizmo informacijos centrui, istorinėms ekspozicijoms, restoranui, parodų salei ir apžvalgos aikštelei.
Bokšto architektūrinis meninis tyrimas
Jelgavos Šv. Trejybės bažnyčios bokšto architektūrinio meninio tyrimo metu, kurį 2009 m. vasarą atliko SIA „AIG“ architektai, buvo padaryta išvada, kad nepaisant to, jog buvo prarasta pradinė bažnyčios struktūra, bažnyčios bokštas saugo svarbią informaciją apie Latvijos renesanso laikotarpio bažnyčių statybos metodus ir architektūrą. Jelgavos Šv. Trejybės bažnyčios fasado frizo dekoratyvinis mūras su apdaila yra unikalus. Bažnyčios fasadai papuošti ornamentiniu plytų mūru, kurio fragmentus galima pamatyti vidiniame bokšto kieme (šiaurinėje pusėje). Mažo formato plytos dedamos į vertikalias „varpas“, o pietinės pusės sienos išpuoštos plytomis, išdėstytomis pagal „kavos pupeles“ primenantį ornamentą. Latvijoje panašus fasado sprendimas yra išsaugotas tik Rygoje, Šv. Jono bažnyčioje.
Archeologiniai kasinėjimai atnaujinimo metu
Tuo pačiu metu tyrėjai Martinas Lūsėnas (Mārtiņš Lūsēns) ir Guntis Gerhardas (Guntis Gerhards) Jelgavos Šv. Trejybės buvusios bažnyčios viduje taip pat atliko archeologinius kasinėjimus ir rado keletą dešimčių XVIII a. kapaviečių bei antropologinės medžiagos, kuri yra svarbus informacijos šaltinis apie Jelgavos ir Kuršo, Žiemgalos hercogystės XVIII a. gyventojų gyvenimo kokybę. Šv. Trejybės bažnyčios teritorijoje esančiose kapavietėse buvo rasta daugiau kaip 900 skirtingų monetų, o rasta numizmatikos kolekcija yra didžiausias monetų rinkinys, kurį pavyko rasti buvusio Kuršo, Žiemgalos hercogystės teritorijoje, viename archeologiniame paminkle. Sendaikčių kolekcija, rasta kasinėjimų metu, perduota G. Eliaso Jelgavos istorijos ir meno muziejui, o kai kurias šios kolekcijos dalis galima apžiūrėti Šv. Trejybės bažnyčios bokšto 4 aukšte surengtoje ekspozicijoje.
Bokšto elementai – atnaujintas laikrodis ir fontanas
2009 m. gruodžio mėn. SIA „Laika Stils“ visose keturiose bokšto fasado pusėse įrengė unikalius laikrodžių ciferblatus ir tokiu būdu atnaujino Šv. Trejybės bažnyčios bokšto laikrodį, įstatant jį į bokšto viršutinio aukšto apvalias langų ertmes. Kiekvienas iš matinio stiklo pagamintas ir iš vidaus apšviestas ciferblatas yra 2,26 metrų skersmens ir sveria beveik 300 kilogramų, todėl jų uždėjimas į fasaduose numatytas vietas buvo sunkus uždavinys. Iš apačios gerai matomi skaitmenys yra 32,5 cm ilgio, o pagal Jelgavos legendas, Lielos gatvės pusėje bokšto fasade esančiame ciferblate švyti paauksuotas vienetas. Laikrodis turi valandas pranešantį varpą ir programuojamą melodijų grojimo sistemą. Laikrodis skamba penkis kartus per dieną (9.00, 12.00, 15.00, 18.00, 21.00 val.) ir trylika kartų švenčių dienomis – kas valandą nuo 9 iki 21 val. bokšto laikrodyje skamba 43 įvairios melodijos, kurios dažniausiai yra latvių liaudies dainos.
Pagal A. Lapinio parengtą projektą buvusios bažnyčios viduryje buvo patalpintas aplinkos dizaino objektas „Trejybė“. Jau 2009 m. Jelgavos miesto taryba surengė atvirą konkursą šiam sumanymui įgyvendinti. Pagrindinį prizą ir teisę realizuoti sumanymą gavo skulptorius Janis Aivaras Korlovas (Jānis Aivars Karlovs). Jo meninis kūrinys – iš granito iškalta trijų dalių skulptūra atspindi aukščiausias krikščioniškojo tikėjimo vertybes – Dievo Tėvo, Dievo Sūnaus ir Dievo Šventosios Dvasios vienybę.
Atnaujinto bokšto atidarymas
2010 m. lapkričio 16 d. 12 val., atidengiant rekonstruotą Šv. Trejybės bažnyčios bokštą, bokšto varpai paskelbė naujo etapo pradžią Jelgavos miesto istorijoje. Šis bokštas tapo lankomiausiu turistiniu objektu Jelgavoje.
Jelgavos Šv. Trejybės bažnyčios bokštas buvo atnaujintas ERPF projekto „Regioninės reikšmės turizmo ir kultūrinio švietimo centro įsteigimas Jelgavoje“ metu. Restauravimo ir renovacijos darbams panaudota 1,53 mln. latų: ERPF skyrė beveik 910 tūkstančių latų, iš valstybės biudžeto gauti 48 tūkstančiai, o Jelgavos miesto taryba skyrė 570 tūkstančių.