Püüdlused koguda raha torni renoveerimiseks
Kui Läti riik sai tagasi oma riikliku sõltumatuse, sai Jelgava Püha Kolmainu kiriku tornist omanäoline iseseisvuse sümbol. Korraldati heategevuskampaaniaid kontsertidega „Meie – tornile“, millede tulu annetati torni renoveerimise jätkamisse, kuid ikkagi ei jätkunud selleks piisavalt vahendeid. Aastatel 1994-1995 töötas ehitusettevõte OÜ Avars välja torni renoveerimisprojekti, mis nägi ette tornitipu taastamise 72 meetri kõrgusel. Kuigi seda projekti ei realiseeritud, tähendas see pöördepunkti Püha Kolmainu kiriku torni renoveerimise käigus, sest Jelgava linna edaspidised tegevused tuginesid sellele esimesele tõsisele torni renoveerimisprojektile.
Püramiidkatuse paigaldamine
Alates 2001. aastast on kohalik omavalitsus aktiivselt arendanud projekte ELi rahaliste vahendite kaasamiseks. Ehitamaks stabiilse aluse uuele katusele vastavalt osaühingu Arhitektuurne uurimisgrupp (SIA Arhitektoniskās izpētes grupa – AIG) projektile, toestas ettevõte PVZ konstruktsioon (PVZ konstrukcija) 2003-2004 aastavahetusel konstruktiivselt 36,5 meetri kõrgusel torni ülaosa ja kauni karniisi. Sel ajal kutsuti torni katuse renoveerimisprojekti edasi arendama ettevõte AIG ja arhitekt Artūrs Lapiņš. Tema poolt väljatöötatud projekt nägi ette ehitada torni sisse kümme kasutatavat korrust ja paigaldada tornile madal neljatahuline püramiidkatus. Projekti kohaselt pidi katus olema valmistatud metallkonstruktsioonidest ja kaetud klaasiga, et pakkuda vaateplatvormilt suurepäraseid linnapanoraami vaateid. Juba 18. novembril 2004 viidi lõpule katusekonstruktsioonide montaaž ja paigaldati klaaskate. Järgmise aasta kevadel paigaldati torni püramiidi tippu 46,5 meetri kõrgusele piksevarras koos vaskpalliga, millesse paigutati torni ajalooga seotud dokumendid, sõnum tulevastele põlvkondadele ja müntide komplekt.
Torni täielik rekonstrueerimine
2008.aastal esitas Jelgava omavalitsus Euroopa Regionaalarengu Fondile (ERAF) taotluse projektile „Piirkondliku tähtsusega turismi- ja kultuurhariduskeskuse loomine Jelgavas“, mis sai ekspertide toetuse ja ELi rahalised vahendid torni täielikuks rekonstrueerimiseks. Projekt tuli ellu viia ajavahemikul 23. märts 2009 - 30. detsember 2010. Torni renoveerimisprojekti realiseeris OÜ Rimts vastavalt arhitekt A. Lapiņši projektile, kaasates torni renoveerimistöödesse ka geoloogiliste ja arheoloogiliste uuringute alal kogenud spetsialiste. Projekti raames teostati torni sisemised ja välimised renoveerimistööd ja ruumide väljaehitus turismiinfokeskuse, ajalooliste ekspositsioonide, restorani, näitusesaali ja vaateplatvormi vajadusteks.
Torni arhitektuurne kunstiuuring
Jelgava Püha Kolmainu kiriku torni arhitektuurse kunstiuuringu käigus, mille teostasid 2009. aastal OÜ AIG arhitektid, jõuti järeldusele, et vaatamata kiriku algstruktuuri kadumisele sisaldab kiriku torn olulist informatsiooni renessansiaegsete jumalakodade ehitamise meetodite ja arhitektuuri kohta Lätis. Jelgava Püha Kolmainu kiriku fassaadide friisi dekoratiivne müüritis koos viimistlusega on unikaalne. Kiriku fassaadid on kaunistatud ornamentaalse telliskivimüüritisega, mille fragmente saab näha torni sisehoovis (põhja pool). Väikeformaadilised telliskivid on asetatud vertikaalsetesse „viljavihkudesse“, omakorda lõunapoolsed seinad on kaunistatud telliskividega, mis on paigutatud „kohviubadega“ sarnanevasse ornamenti. Lätis on sarnane fassaadilahendus säilinud ainult Riias, Püha Jaani kirikus.
Arheoloogilised väljakaevamised renoveerimise ajal
Samal ajal teostasid teadlased Mārtiņš Lūsēns ja Guntis Gerhards Jelgava Püha Kolmainu endise kiriku sees ka arheoloogilisi väljakaevamisi, mis paljastasid mitmeid kümneid 18. saj matmispaiku ja andsid hulgaliselt antropoloogilisi materjale, mis on olulised teabeallikad Jelgava ja Kurzeme, Zemgale hertsogiriigi 18. saj elanike elukvaliteedi kohta. Kolmainu kiriku territooriumil olevatest matmispaikadest leiti enam kui 900 erinevat münti ja saadud numismaatiline kogumik on suurim müntide kogum, mis endise Kurzeme, Zemgale hertsogiriigi territooriumil on leitud ühest arhitektuurimälestisest. Väljakaevamistel leitud leiud on antud säilitamisele Ģ. Eliasi Jelgava Ajaloo- ja Kunstimuuseumile ning osa nendest saab näha ka Püha Kolmainu kiriku torni 4. korruse ekspositsioonis.
Torni elemendid – renoveeritud kell ja purskkaev
2009.aasta detsembris paigaldas ettevõte SIA Laika Stils kõigile neljale torni fassaadile ainulaadsed kella sihverplaadid, ja renoveerinud Püha Kolmainu kiriku torni kella, paigaldas selle torni ülemise korruse ümmargustesse aknaavadesse. Iga mattklaasist valmistatud ning seestpoolt valgustatud sihverplaadi läbimõõt on 2,26 meetrit ja kaal veidi vähem kui 300 kilo, seetõttu oli nende paigaldamine fassaadidele selleks ettenähtud kohtadesse komplitseeritud ülesanne. Maapinnalt hästi nähtavad numbrid on 32,5 cm pikkused, sealjuures, Jelgava legendi kohaselt sätendab Lielās tänava poolsele tornifassaadile paigutatud sihverplaadil kullatud number üks. Kell on varustatud tunnivalimis- ja programmeeritud meloodia taasesitussüsteemiga. Argipäeval kõlab kell viis korda päevas (9:00, 12:00, 15:00, 18:00, 21:00), kuid riigipühadel kolmteist korda – täistundidel alates kella 9:00-21:00. Tornikell mängib 43 erinevat meloodiat, mis peamiselt on läti rahvalaulud.
A.Lapiņši poolt väljatöötatud projekti kohaselt oli vaja paigutada endise kirikuhoone keskele keskkonnadisaini objekt „Kolmainsus“. Juba 2009. aastal kuulutas Jelgava linnavolikogu välja avaliku konkursi selle idee elluviimiseks. Peaauhinna ja idee realiseerimise õiguse sai skulptor Jānis Aivars Karlovs. Tema kunstiteos – graniiti raiutud kolmeosaline skulptuur kajastab kristliku usu kõrgeimate väärtuste tuuma – Jumala Isa, Jumala Poja ja Jumala Püha Vaimu ühtsust.
Renoveeritud torni avamine
16.novembril 2010 kell 12:00 kuulutasid Püha Kolmainu kiriku tornikellad uue etapi algust Jelgava linna dominandi ajaloos, avades rekonstrueeritud Püha Kolmainu kiriku torni, millest on saanud kõige populaarsem turismiobjekt Jelgavas.
Jelgava Püha Kolmainu kiriku torn renoveeriti ERAF projekti „Piirkondliku tähtsusega turismi- ja kultuurhariduskeskuse loomine Jelgavas“ raames. Torni renoveerimis- ja taastamistööde kogumaksumus oli 1,53 miljonit latti: ERAF eraldas projekti realiseerimiseks peaaegu 910 tuhat latti, riigieelarvest saadi lisaks 48 tuhat, kuid Jelgava linnavolikogu investeeris projekti 570 tuhat latti.